五月份，皇甫嵩被任命为车骑将军。当月，朝堂上开始争议起了该如何处理董卓部下的事宜。原本在之前的时候，吕布就向王允提过一条建议，史书的原文是：吕布劝王允尽杀董卓部曲，允曰：“此辈无罪，不可。”
吕布是非常了解那帮西凉兵的行事作风的，董卓活着的时候都约束不了他们，如今董卓死了，就更没有人能约束得了他们了，一旦给了他们喘息的机会，其后果如何，恐怕没人能付得起这个责任的。而从后来发生的一系列乌七八糟的事件来看，吕布提出的这个建议还是比较符合实际需要的，只要把董卓原先手下的那些将领全部杀掉，就可以威慑剩余的那些西凉兵。但是王允没有采纳这条建议。
吕布明白王允的作为是在自己挖坑坑自己，所以为了应对接下来将会突发的状况，他就打算将董卓的财物拿出来，赏赐给朝中的公卿和统军的将领们，以图能够笼络住这些人的心思。然而王允却不同意，这不免让吕布有些大为光火。
后来，又有人向王允建议，可以派皇甫嵩去统领董卓的旧部，并驻扎在陕县加以约束安抚。对此，王允的态度依旧是不赞成。有关提出这个建议的人，史书上没有明确记载是谁，但我个人揣测可能是荀攸。由于王允刚愎自用，缕缕决策错误，怠慢时机，荀攸觉得迟早要出大乱子，于是乎便弃官离开了朝廷。至于史书上为什么没有写，那就不能得知了，也许是怕会引起不好的影响吧。
没过多久，长安城中就传出朝廷要杀光所有凉州人的谣言，这使得局势进一步恶化了。却不知这谣言是谁传出的。这时的吕布明白不能再这样拖下去了，不然搞不好会引起西凉的兵集体暴乱。于是乎，吕布也没有跟王允商量，便直接写了一道诏书，让李肃带着前往陕县去诛杀牛辅。牛辅自然是不愿伏法的，便率军迎击，将李肃打败，李肃逃回了弘农，之后却又被吕布处死。
有关于吕布处死李肃这一点，有人提出过异议。我个人揣测了下，想来应该是由于吕布没有就此事跟王允商议，使得王允心里感到很不满，加上之前王允就说过不能处死这些人，因而王允便以违令之罪处死了李肃，以此来给吕布一个警告。史书说，王允一向将吕布当成一员武将，不想吕布干涉朝政。其实真相并非如此，那全都是因为权力使然的排挤，而非是吕布仅是一名不懂政治的武将，才不想让他干涉朝政。因而，处死李肃这事多半还是王允下的令，只不过后人没弄清楚，却算在了吕布的头上，便使得吕布受了冤枉。
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